ilastik: เครื่องมือการเรียนรู้ของเครื่องแบบโต้ตอบสำหรับการวิเคราะห์ภาพชีวภาพ
การจำแนกพิกเซล การจำแนกวัตถุ การติดตาม และการแกะสลัก 3D ทำงานเป็นโมดูลเชิงโต้ตอบที่ฝึกจากการระบุด้วยแปรงที่กระจัดกระจาย โดยประมวลผลเฉพาะพื้นที่ที่คุณมองเห็น ilastik ถูกพัฒนาโดย ilastik: การเรียนรู้ของเครื่องเชิงโต้ตอบสำหรับการวิเคราะห์ภาพชีวภาพสำหรับนักวิทยาศาสตร์ชีวิตและนักจุลชีววิทยา และมันเปิดเผยเวิร์กโฟลว์ที่ไม่ต้องเขียนโค้ดสำหรับการแบ่งส่วน การนับ และการติดตามแบบเวลาจริง แอปนี้รองรับ TIFF, PNG, JPEG และ HDF5 ทำงานบน Windows 64 บิต และมุ่งเป้าไปที่นักวิจัยที่ต้องการผลลัพธ์การเรียนรู้ของเครื่องโดยไม่ต้องเขียนโค้ด。
ilastik ทำอะไรและเวิร์กโฟลว์มีลักษณะอย่างไร?
แอปสร้างตัวจำแนกประเภทจากการระบุแบบอย่าง: คุณทำเครื่องหมายพิกเซลหรือวัตถุด้วยแปรง โมเดลป่าแบบสุ่มทั่วไปจะทำให้ป้ายเหล่านั้นทั่วไป และคุณปรับปรุงผลลัพธ์แบบโต้ตอบ โมดูลหลักประกอบด้วยการจำแนกประเภทพิกเซล การจำแนกประเภทวัตถุ การนับความหนาแน่น การทำงานแบบอัตโนมัติ และเครื่องมือการแกะสลักสำหรับการแบ่งส่วน 3D แบบกึ่งอัตโนมัติ โมเดลที่ฝึกใน GUI สามารถนำไปใช้ในโหมดแบตช์หรือโหมดไม่มีหัวเพื่อดำเนินการประมวลผลเดียวกันในหลายไฟล์ได้
ilastik จัดการชุดข้อมูลขนาดใหญ่โดยไม่ทำให้หน่วยความจำหมดหรือไม่?
การดำเนินการแบบขี้เกียจทำให้การใช้หน่วยความจำอยู่ในพื้นที่ที่มองเห็นได้ ดังนั้นโปรแกรมจะประมวลผลเฉพาะแผ่นที่คุณตรวจสอบ ซึ่งทำให้สามารถทำงานกับชุดข้อมูลที่ใหญ่กว่าหน่วยความจำ RAM ของระบบ ความต้องการขั้นต่ำคือระบบ 64 บิตที่มี RAM 8 GB และเอกสารแนะนำให้มีหน่วยความจำมากขึ้นสำหรับโครงการ 3D ขนาดใหญ่หรือเวิร์กโฟลว์ Autocontext การประมวลผลแบตช์และการทำงานแบบไม่มีหัวช่วยให้คุณสามารถผลักดันโมเดลที่ฝึกแล้วไปยังโฟลเดอร์โดยไม่ต้องโหลดมุมมองแบบโต้ตอบใหม่
ilastik ปลอดภัยและเหมาะสมสำหรับผู้ที่ไม่ใช่โปรแกรมเมอร์หรือไม่?
อินเทอร์เฟซไม่มีโค้ดและขับเคลื่อนด้วยการตอบสนองทางสายตา ดังนั้นผู้ใช้ที่ไม่มีความเชี่ยวชาญด้านการเขียนโปรแกรมสามารถฝึกตัวจำแนกประเภทโดยใช้การระบุอย่างง่าย โครงการนี้เป็นโอเพ่นซอร์สภายใต้ GPL ซึ่งหมายความว่ารหัสฐานและเวิร์กโฟลว์สามารถตรวจสอบและรวมเข้ากับเครื่องมือเช่น Fiji และ CellProfiler ได้ เวิร์กโฟลว์ขั้นสูงเช่นการทำงานแบบอัตโนมัติแบบซ้อนและการแกะสลักน้ำที่มีเมล็ดเผยพารามิเตอร์ที่ต้องการความรู้เฉพาะทางเพื่อหลีกเลี่ยงการแบ่งส่วนที่ผิดพลาด
ใครควรใช้ ilastik และคาดหวังอะไรจากมัน
ilastik เหมาะสำหรับนักชีววิทยาและนักจุลทรรศน์ที่ต้องการการแบ่งส่วนและติดตามด้วยการเรียนรู้ของเครื่องแบบโต้ตอบโดยไม่ต้องเขียนโค้ด และทำงานกับภาพ 2D, 3D หรือภาพชุดเวลา คาดหวังว่าจะมีการฝึกอบรมที่มองเห็นได้ซึ่งผลิตโมเดลที่สามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้และผู้ดำเนินการขี้เกียจที่ไม่ใช้หน่วยความจำสำหรับไฟล์ขนาดใหญ่; วางแผนที่จะจัดสรร RAM เพิ่มเติมสำหรับ Autocontext ที่ซับซ้อนหรือปริมาตร 3D ขนาดใหญ่ แนะนำให้ใช้.
